構いません。

ですが、NPO法人の情報は公に公表されます。

住所がネット上に公開されます。

 

また、事務所には各種書類を備え置く義務があり、利害関係人から要求があれば閲覧させなければいけません。

それらの義務を履行できるのであれば、問題ありません。

 

実際に、理事長の自宅を事務所にしているケースは、多いです。