これまでは、公益法人(社団法人、財団法人)を設立するには、主務官庁による設立許可が必要とされ、「法人格の取得」、「公益性の判断」、「税制上の優遇措置」が一体となっていました。
そのため、法人設立の要件が、各主務官庁の裁量権に委ねられており、主務官庁ごとにばらつきがありました。

また、営利法人類似の法人等が、公益法人として税制上の優遇措置を受けるなど、様々な問題が生じてしまっていました。

そこで、改正法では、法人格の取得と公益性の判断を分離して、営利(剰余金の分配)を目的としない社団と財団について、法人が行う事業の公益性の有無に係らず、登記のみによって、簡単に法人格を取得することができるようにしました。
そして、公益性認定の判断は、民間有識者から構成される、国の公益認定等委員会・都道府県の合議制の機関が行うことになりました。
つまり、2階建ての仕組みに変えたのです。
社団法人・財団法人の「法人格」の取得については、登記のみによってできるようにし、さらに公益性の認定が必要な法人は、認定機関での認定を受けるということです。

そして、単なる社団法人や財団法人(一般社団法人・一般財団法人と呼ぶ)については、行政庁は一律に監督することはせずに自主運営に任せ、公益性の認定を受けた社団法人や財団法人(公益社団法人・公益財団法人)については、税制上の優遇措置等を認めるため、行政庁がきちんと監督するようになりました。